POS机年费通常是从商户的银行账户中扣除的，具体扣费方式可能因POS机提供商或银行的不同而有所差异，年费会通过以下几种方式扣除：
1、自动扣款：
商户在与POS机提供商或银行签订合同时，通常会授权从绑定的银行账户中自动扣除年费，年费会在合同约定的时间（如每年固定日期）自动扣除。
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2、手动支付：
有些POS机服务商可能不会自动扣款，而是通过账单或通知的方式提醒商户手动支付年费，商户需要根据账单信息，通过网银转账、柜台支付等方式完成缴费。
3、从交易结算款中扣除：
部分POS机服务商会从商户的交易结算款中直接扣除年费，年费可能会从每日或每月的交易金额中按比例扣除。
4、预付费或一次性支付：
有些POS机服务商可能会要求商户在办理POS机时一次性支付年费，或者在合同签订时预付费。
注意事项：
合同条款：商户在办理POS机时，应仔细阅读合同中的费用条款，了解年费的金额、扣费方式和时间。
账户余额：如果采用自动扣款方式，确保绑定的银行账户有足够的余额，以免因扣款失败导致服务中断或产生额外费用。
核对账单：定期核对银行账户和POS机服务商提供的账单，确保年费扣款金额和时间的准确性。
如果有疑问，建议直接联系POS机服务商或银行客服，了解具体的扣费方式和细节。